Trường Đại học Giao thông Vận tải Cơ sở II được ra đời ngày 27/04/1990 theo quyết định 139/TCCB của Bộ Giáo dục và Đào tạo, là một bộ phận cấu thành quan trọng của Trường Đại học Giao thông Vận tải (trụ sở chính tại Hà Nội) trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo. Tính đến tháng 5/2013 Quy mô đào tạo của Trường đạt gần 8000 sinh viên, học viên các hệ với 41 chuyên ngành đào tạo.
Theo xu hướng tất yếu, đến nay các công tác hoạt động đều được trường chú trọng phát triển và đổi mới. Công tác đào tạo luôn được Nhà trường quan tâm hàng đầu. Hàng năm số sinh viên được tốt nghiệp ngày càng tăng cả về số lượng lẫn chất lượng với trên 95% sinh viên tốt nghiệp đều có việc làm phù hợp với chuyên môn được được đào tạo.


Đoàn Thanh niên niên cộng sản Hồ Chí Minh - Trường Đại học Giao thông Vận tải - Cơ sở II tiền thân là Chi đoàn cơ sở 2 trực thuộc Đoàn Trường Đại học Giao (đóng tại Hà Nội).
Năm 1989, trước nhu cầu về đào tạo nguồn nhân lực cán bộ GTVT cho các tỉnh Miền Nam, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã cho phép Trường thành lập Cơ sở 2 tại Quận 9, Tp. Hồ Chí Minh. Ngay từ khi khi mới thành lập, Nhà trường đã xác định tầm quan trọng của công tác phong trào Thanh niên trong đào tạo và phát triển. Vì vậy chỉ với 2 chi đoàn thành viên Đoàn Trường Cơ sở 2 vẫn ra đời và có nhiều hoạt động thiết thực.
- Tháng 4/1991 - Đại hội Đại biểu lần thứ nhất được tổ chức bầu đồng chí Nguyễn Văn Quảng (nay là Giảng viên Bộ môn Kinh tế Bưu chính Viễn thông) làm Bí thư. Với số lượng Đoàn viên toàn Trường khoảng trên 700 đoàn viên
- Tháng 6/1994 đứng truớc nhu cầu thực tế và sự phát triển của phong trào, Đoàn Thanh Niên Cơ sở 2 - Đại học GTVT chính thức chuyển về trực thuộc Thành Đoàn - Tp. Hồ Chí Minh.
- Tháng 6/2007 với những thành tích và cống hiến cho phong trào thanh niên thành phố, Ban chấp hành Thành Đoàn Tp. Hồ Chí Minh đã ký quyết định nâng cấp Đoàn Trường Đại học Giao thông Vận tải Cơ sở 2 thành Đoàn Cơ sở tương đương cấp Quận, Huyện.
Trải qua 23 năm thành lập và phát triển, Đoàn Thanh niên Trường Đại học Giao thông Vận tải Cơ sở 2 đã được tặng nhiều bằng khen, giấy khen của Thành Đoàn Tp. Hồ Chí Minh và Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh; Hàng năm các phong trào thanh niên do Đoàn trường tổ chức và triển khai đã để lại nhiều dấu ấn, là cái nôi phát triển kỹ năng và bồi dưỡng Đoàn viên bộ ưu tú giới thiệu cho Đảng Cộng sản Việt Nam.

Tính đến tháng 09/2016
Số lượng đoàn viên do Đoàn trường Quản lý là 4.905 đoàn viên
Số lượng sinh viên: 5.215 sinh viên chính quy

 

Bí thư Đoàn trường qua các thời kỳ:


 TT Họ và tên Nhiệm kỳ Giai đoạn Ảnh
1    Nguyễn Văn Quảng Nhiệm kỳ I Từ 1991 đến 1994
2 Nguyễn Minh Tân Nhiệm kỳ II Từ 1994 đến 2004  
3 Võ Trường Sơn Nhiệm kỳ III Từ 2004 đến 2007
4 Trần Văn Thuận Nhiệm kỳ IV & V Từ 2007 đến 2012
5 Trần Quang Hải Bằng Nhiệm kỳ VI Từ 2012 đến 2014  
6  Lê Nhật Tùng  Nhiệm kỳ VII    Từ 04/2014 đến 09/2016  
7    Đặng Văn Ơn             Nhiệm kỳ VII         Từ 10/2016 đến nay